Podmornica U-1206 naručena je 1944. a bila je opremljena novom vrstom toaleta, dizajniranom da omogući podmornici da zaroni dublje i izbjegne napad. To je bio veoma kompliciran sustav ventila visokog pritiska, koji je zahtijevao posebnu obuku u korištenju.
Kapetan Carl-Adolf Schlitt i posada su početkom 1945. poslani na obuku u Sjevernom moru, nakon čega su bili spremni za djelovanje.
Njihova prva i jedina patrola je počela 6. travnja 1945. godine i trajala samo 8 dana, a krenuli su iz Norveške prema britanskim otocima. Sve je bilo dobro dok 14. travnja 1945. godine članovi posade nisu imali problem s toaletom, pa je inženjer pozvan da pomogne. Međutim, on je okrenuo pogrešan ventil.
Ovo je izazvalo prodor vode, koja je počela ulaziti u podmornicu poplavivši prednji dio a onda i baterije. To je izazvalo formiranje veoma otrovnog plina klorina u unutrašnjosti plovila, zbog čega je kapetan odlučio da svi napuste podmornicu.
Na žalost po Nijemce, bili su veoma blizu škotske obale i brzo su uočeni. Posada je panično udisala čist zrak kada su primijećeni od strane savezničkih aviona. Zbog nemogućnosti da se vrate u podmornicu i zarone kapetan Schlitt je odlučio da podmornica bude potopljena. Tako je završila svoj prvi i jedini zadatak.
Tri člana posade su se ugušila kada je podmornica potonula, a 37 je spašeno i bilo zarobljeno.
Olupina je ležala na dnu do 1970. kada je otkrivena prilikom gradnje jednog cjevovoda.
