Vjerovanje u postojanje drugog kontinenta potaknulo je Španjolca Mendañu da putuje iz Amerike u južni Pacifik gdje je otkrio neke od Maršalovih i Solomonskih otoka te otoke Ellis.
U njegovoj drugoj ekspediciji sudjelovao je mladi portugalski kapetan i kormilar Pedro Fernandez de Quirós (1565. – 1614.), koji je također vjerovao u postojanje južnog kontinenta.
Quirósu je bilo samo trideset godina kad je otišao u Peru i dobio mjesto kapetana i glavnog kormilara kod Mendañe. Ekspedicija se sastojala od tristo sedamdeset i osam ljudi raspoređenih na četiri broda. Na nesreću Mendaña je sa sobom poveo svoju ženu i gomilu rođaka.
Quirós, koji je na početku oklijevao hoće li sudjelovati u ekspediciji, ubrzo se uvjerio da su njegove sumnje osnovane. Sve poslove obavljala je gospođa Mendaña, arogantna žena željna moći, a šef vojnog odreda bio je nepristojna i netaktična osoba, no Quirós je odlučio na ništa ne obraćati pažnju i nastavio je vjerno izvršavati svoje dužnosti.
26. srpnja 1595. godine mornari su na udaljenosti od 4200 kilometara od Lime vidjeli otok koji su nazvali Magdalena. Kada je oko četiri stotine urođenika kanuom stiglo do brodova i donijelo kokose i svježu vodu za razmjenu, španjolski vojnici pretvorili su ovaj prijateljski posjet u pokolj, koji je završio paničnim bijegom domorodaca. Takvi su se slučajevi kasnije bili gotovo uobičajeni.
Skupina od četiri otoka, među kojima je bila i Magdalena, nazvana je Las Marquezas de Mendoza. Tamo su Španjolci okusili kruhovac, jednu od osnovnih prehrambenih namirnica na području Pacifika, i bilo je to prvo upoznavanje Europljana sa zanimljivim plodom.
Tada je ekspedicija krenula na zapad-sjeverozapad te kada su prošli pokraj otoka Tinakula na njemu je eruptirao vulkan. U isto vrijeme počela je grmljavina i nastala oluja. U neprobojnoj tami ekspedicija je izgubila brod “Almirant”, čija je sudbina ostala nepoznata. Samo u ovom stoljeću španjolski novac i oružje pronađeni su na sjeveroistočnoj obali Australije. Moguće je da su bili s broda „Almiranta“, a da je njegova posada umrla na obali.
Preostale tri posade doprle su do otoka Santa Cruz, obznanile španjolsku vlast i tamo osnovale naselje. Urođenici su bili vrlo mirni, no ipak su ih španjolski vojnici stalno napadali. Budući da je bilo gotovo nemoguće dobiti hranu na otocima, posada je podnijela molbu za hitan povratak u domovinu, a potpisi na peticiji bili su raspoređeni po radijusu tako da je bilo nemoguće saznati tko je prvi potpisao.
Mendaña je, kao odgovor, naredio da se ubije vođa odreda, za kojeg je sumnjao u izdaju. Na otočiću je izbila pobuna i noževi su bljeskali pod tropskim suncem. Iako suzbijena, katastrofe ekspedicije tu nisu stale.
Uskoro se Mendaña razbolio i umro jer je u koloniji izbila epidemija kuge. Kao da su namjerno pogoršali situaciju, Španjolci su izdajnički ubili vođu domorodaca. Tada su se domoroci pobunili kako bi se osvetili za ugnjetavanje.
Vodstvo ekspedicije prešlo je Quirósu. U studenom 1595. postavio je ostatak ljudi na brodove i odlučio isploviti u Manilu. Kuga se nastavljala i u mjesec dana od nje je umrlo četrdeset i sedam ljudi. Preko noći nestao je čitav jedan brod.
Nesreće nisu zaustavile gospođu Mendaña. Nakon smrti supruga, pokušala je preuzeti vlast u svoje ruke i zahtijevala da je zovu “vladarica”. Posada ju je mrzila. Osobito su bili ogorčeni što troši dragocjenu svježu vodu kako bi oprala haljine. Žaleći sirote ljude da pate od žeđi Quirós je pokušao prosvjedovati protiv njezina ponašanja. Kao odgovor na to Mendaña je spremila ključeve prostorije u kojoj je voda bila pohranjena.
3. siječnja ekspedicija je prošla kroz Rogue Islands i smirila se, no tek 11. veljače 1596. ostatak ekspedicije je stigao na Filipine.
Lokalne su vlasti s poštovanjem obasipale “vladaricu” i gotovo nisu obraćale pozornost na mladog kapetana čija je hrabrost spasila članove ekspedicije da prežive.
Po povratku u Limu 1598., Quirós je odmah napao vicekralja Perua. On je uporno zahtijevao da bude opremljena nova ekspedicija u Južno more, ali ne i potraga za izgubljenim Solomonskim otocima – Quirós je bio uvjeren da na južnoj hemisferi postoji ogroman kontinent.
Quirós je otišao u Španjolsku sa svojim skromnim sredstvima. U veljači 1600. iskrcao se u San Lukaru. U Sevilli i Madridu bio je hladno dočekan. Zatim je otišao u Rim, k Papi, nadajući se da će čelnik Katoličke crkve podržati njegov projekt. Kao i Kolumbo, Quirós je osvojio srca naivnom, no istinski beskrajnom iskrenosti. Španjolski veleposlanik u Rimu, vojvoda od Sesa, vjerovao je u Quirósa. Sesa je uvjerio Papu da podrži projekt ovog čudnog čovjeka.
I Papa je napisao pismo španjolskom kralju Filipu III u kojem je zamolio kralja da radi slave svete crkve podupre projekt Quirósa. S tim je pismom Quirós je napustio Rim, a u lipnju 1602. je stigao u Španjolsku. Utjecajni dostojanstvenici povezani s Rimom poduprli su projekt i u travnju 1603. kralj je potpisao uredbu o opremi flotile, koja je, pod zapovjedništvom Quirósa, trebala napustiti Peru u potrazi za južnim kontinentom.
21. prosinca 1605. Quirós je napustio Callao. U njegovoj flotili nalazila su se tri broda – „Capitana“ , „Almiranta“ i mali brod pod nazivom „Tri mudraca“.
Quirós je odmah izazvao nezadovoljstvo timova činjenicom da je pročitao naredbu u kojoj su vojnici i mornari upućeni da ne piju vino, a ne da bogohule te da ne ugnjetavaju, ne vrijeđaju i ni u kom slučaju ne pljačkaju stanovnike bilo koje zemlje.
Flota je trebala ići jugozapadno do 30° južne širine. Ako se u toj etapi ne dođu do kopna bilo je potrebno ići na sjeverozapad do 10° južne širine i dalje na zapad do otoka Santa Cruz. Nakon zapad-jug-zapad, flotila je stigla do 26° južne širine.
Od 26. siječnja do 10. veljače 1606. na istočnim rubovima ovog arhipelaga otkriveno je devet atola – koje je teško utvrditi, ali sudeći prema opisu Quirósa, to su bili atoli Henderson, Marutea, grupa Acteon i Nengonengo.
1. svibnja 1606. Quirós je došao do otoka koje je nazvao Australia del Espiritu Santo (danas Novi Hebridi). Zemlja je podsjećala na cvjetni vrt, a neprekinuti lanac otoka na prvi je pogled mogao upućivati na kontinent. To je, prema mišljenju Quirósa, bilo južno kopno. Kada su se brodovi usidrili Quirós je naredio da se obilježi “veliko otkriće” te organizirao svečane procesije, plesove, crkvene službe i vatromet. Tada je na mjestu iskrcavanja podignut križ i pročitan je čin da ova zemlja sada pripada španjolskom kralju.
Quirós i njegovi ljudi ostali su u Novim Hebridima trideset i pet dana. Tada je odlučeno ići na jug duž obala otvorenog “kontinenta”, no čim su napustili zaljev, počela je oluja. Jedan od brodova se vratio u zaljev i usidrio. Quirós je bio bolestan i nije se mogao popeti na palubu, a njegov se pomoćnik nije usudio približiti luci i poslao “Capitanu” na otoke Santa Cruz, gdje je bilo dogovoreno da se nađu u slučaju da se brodovi izgube u oceanu. Neuspješno čekajući brodove neko vrijeme Quirós je odlučio otploviti natrag i, opisujući veliki luk, krajem studenog stigao u Acapulco. Torres je, misleći da će se i Quirós vratiti u zaljev, bez čekanja, odlučio je nastaviti ploviti sam. Plovio je na jugozapad, zatim na sjever i ušao u područje otoka na istočnom rtu Nove Gvineje. Zaobilazeći Novu Gvineju s juga, otkrio je tjesnac, koji odvaja Novu Gvineju od Australije, a kako je bio prepun malih otočića, kasnije je nazvan Torresovim tjesnacem.
Otok Espiritu Santo nije imao zdravu klimu. Mornari su patili od tropske groznice. Povrh svih nevolja, 27. svibnja Quirós i mnogi njegovi drugovi teško su se otrovali ribom i gotovo ispustili dušu.
Početkom lipnja Quirós je odlučio privremeno dignuti sidro i uputiti se u posjet južnom kontinentu. Međutim, zbog vjetrova i struja, nije se mogao pomaknuti prema jugu. 8. lipnja Quirós je naredio da se vrate u zaljev Santiago y San Felipe.
Važno je napomenuti da ekspedicije Quirósa tijekom dugog putovanja u južnim morima nije izgubila ni jednu osobu. Bio je to jedinstveni slučaj u povijesti španjolskih pomorskih putovanja.
Quirós se 9. prosinca 1607. uputio u Madrid i na gradskim vratima prosjaku je dao posljednji novčić. Sutradan je započeo novu bitku, zahtijevajući da Vijeće za indijska pitanja opremi veliku ekspediciju da osvoji Južnu zemlju Duha Svetoga. Ne desetke, nego stotine pisama i objašnjenja, poslao je u sljedeće dvije do tri godine svim visokim institucijama Španjolske. Pisao je kralju i Papi, pokucao na vrata svih ureda u Madridu, i više nego jednom posjetio Escorial. Svojom neumoljivom vjerom, on je, kao i prije, osvojio skeptike, ali Vijeće za indijska pitanja je 1608. odlučilo ne opremiti novu ekspediciju. Ne zato što Quirósu nisu vjerovali, nego zato što su motivi bili potpuno različiti. Vijeće je smatralo da su nova otkrića štetna. Odvlačili su ljude iz Španjolske, u vrijeme kada se broj stanovnika svake godine smanjivao; otvarali su nove putove kraljevim neprijateljima, odvodili riznicu Njegovog Veličanstva i to je u vrijeme kada nema ni novca ni prilike da se zadrži ono što je već otkriveno. Ipak, napadajući kraljevsko Vijeće, Quirós je krajem 1609. postigao neki uspjeh. Filip III je potpisao dekret protiv vicekralja Perua, u kojem je potonjem preporučeno opremanje ekspedicije na južni kontinent.
Quirós, međutim, nije bio zadovoljan time. Bio je svjestan španjolskog poretka i znao je da kolonijalne vlasti u Peruu neće uzeti u obzir takve preporuke.
U listopadu 1614. u Limi je imenovan novi vicekralj. Quirós je s njim otišao u Novo Vijeće u čvrstom uvjerenju da se njegova sreća konačno nasmiješila. Nažalost, u proljeće 1615. Quirós je umro u Panami. Smrt ga je spasila od posljednjeg razočaranja – vicekralj je dobio tajnu naredbu: Ni u kom slučaju ne slati nove ekspedicije u Južno more.