Na svoje prvo putovanje „Batavia“ je s 332 člana posade isplovila iz Nizozemske 4. lipnja 1629., no bilo je to ujedno i njezino posljednje putovanje, njezinu priču i dalje čuvaju vode uz obalu zapadne Australije. Preživjeli su uspjeli doplivati do obližnjeg otoka Beacon, ali utopilo se oko 40 ljudi. Ono što se tada odigralo na malom koraljnom otoku fascinantna je priča o pomorskoj izdaji, ubojstvu i junaštvu koja je inspirirala filmove, knjige i drame.
Već na samom početku putovanja bivši bankrotirani farmaceut, Jeronimus Cornelisz, koji je bježao iz Nizozemske u strahu od uhićenja zbog svojih heretičkih uvjerenja, urotio se s kapetanom broda, Ariaenom Jacobszom i drugim članovima posade, kako bi podigli pobunu, i otplovili brodom do nepoznatog odredišta te pronašli zlato i srebro. Ono bi im omogućilo da započnu novi život. Posada je pokušala izazvati zapovjednika broda, Francisca Pelsaerta, zlostavljajući mladu damu visokog ranga. Ideja je bila potaknuti Pelsaerta na kažnjavanje posade, koja bi se potom iskoristila kao izgovor za pobunu. Međutim, Pelsaert je odlučio ne djelovati dok ne stignu na kopno i pobuna nije uspjela.
Prije nego što su urotnici mogli napraviti još jedan potez, brod je udario u greben blizu otoka Abrolhos i potonuo. Četrdeset se ljudi utopilo, a ostali su uspjeli doplivati do otoka Beacon. Preživjeli su sa sobom ponijeli veći dio hrane i ostalih namirnica s broda, ali na otocima nije bilo svježe vode. Uvidjevši njihovu tešku situaciju, zapovjednik broda Pelsaert, kapetan Jacobsz, nekoliko članova posade i neki putnici – ukupno četrdeset osam ljudi – ostavili su ostale na otoku i drugim brodom krenuli u potragu za svježom vodom.
Nakon neuspješne potrage za vodom na kopnu, grupa je krenula na sjever na po život opasno putovanje u grad Bataviju, danas Džakartu, kako bi dobili pomoć. Putovanje je trajalo 33 dana i, čudom, svi su preživjeli.
Po dolasku u Bataviju, brodski narednik je uhićen i pogubljen zbog nemara. Skiper Jacobsz također je uhićen, ali Pelsaert nije bio svjestan njegove uloge u potencijalnoj pobuni. U međuvremenu se grupa, koju je predvodio sam Pelsaert, odlučila vratiti i spasiti oni koji su još uvijek bili na otoku. Uz iznimno lošu sreću, trebalo im je dva mjeseca da se vrate na otok. Po dolasku su otkrili da se dogodio krvavi sukob među preživjelima te je njihov broj smanjen za više od stotinu.
Nakon što je Pelsaert napustio otoke i krenuo za Bataviju, Jeronimus Cornelisz, bankrotirani farmaceut, koji nije uspio podići pobunu na brodu, ponovno je okupio neke od muškaraca i želio se dokazati pred njima. Corneliszov je đavolji plan bio zaplijeniti brod kako bi se, zajedno s bogatstvom uništene „Batavie“, mogao vratiti. Kako bi to mogao izvesti Cornelisz je morao ukloniti sve moguće protivnike i svakoga tko je bio prepreka ostvarenju njegovih planova i ograničenim resursima.
Prvo je poslao muškarce i žene na drugi otok pod lažnom izliko da traže vodu i tamo ih ostavio. Isto je učinio i grupi vojnika, vodeći računa da zaplijeni njihovo oružje prije nego što odu. Mnogo ih se utopilo nakon što ih je poslao na da obave beskorisne zadatke, a njegovi su ih pomagači gurnuli u more. Preostale su sustavno ubili Corneliszovi psihotični muškarci.
Uslijedila je vladavina terora kada su pobunjenici postali opijeni ubijanjem i počeli ubijati samo zbog užitka. Preživjele koji su poslali na druge otoke lovili su i ubijali ako sami nisu podlegli žeđi ili gladi. Neke od žena su ostavili žive samo kako bi ih opetovano silovali.
Nepoznata Corneliszu, skupina vojnika na čelu s Wiebbe Hayesom, koja je ostavljena da umre na otoku, zapravo je pronašla izvore vode i hrane i tako su preživjeli. Kada su vojnici od preživjelih saznali za barbarstvo na Corneliszovu otoku, osmislili su improvizirano oružje i izgradili malu utvrdu od vapnenca i blokova koralja. Zatim su poslali dimne signale Corneliszu i čekali da dođu pobunjenici.
Vijesti o vodi na drugom otoku i vojnicima koji su preživjeli bili su prijetnja Corneliszovim planovima. Kako je predviđeno, Cornelisz je poslao napadačku grupu kako bi eliminirao vojnike, ali vojnici, koji su se nisu borili s gladi kao pobunjenici, lako su ih porazili u nekoliko bitaka i na kraju uzeli Cornelisza kao taoca. U tom trenutku stigao je Pelsaertov spasilački brod. Wiebbe Hayes je pojurio da upozori spasioce na pobunjenike i objasnio što se dogodilo.
Pelsaert je zarobio Cornelisza i preostale pobunjenike te održao improvizirano suđenje na samom otoku. Pogubljeni su najgori prijestupnici, dok su Cornelisz i još neki ostavljeni u lancima prije nego što su ih objesili. Preostali pobunjenici odvedeni su u Bataviju na suđenje. Petorica su obješena, jedan je razapet na kormilu, što je u to vrijeme bila najteža kazna, a ostali su bičevani.
Olupina „Batavie“ pronađena je i spašena 1970-ih. Neki od predmeta, uključujući i ljudske ostatke, sada su izloženi u muzeju Zapadne Australije u Fremantleu. Velik dio ostataka i dalje leži na izvornoj lokaciji, koja je danas popularno mjesto za ronjenje na obali zapadne Australije.
