Ratno stanje na Jadranu započelo je 1991. godine sukobom između Jugoslavenske narodne armije (JNA) i Slovenske teritorijalne obrane. Tijekom tih događaja, Jadrolinija je evakuirala oko 10.000 putnika, uglavnom stranaca, s Jadrana. Najveći broj putnika prevezao je trajekt Istra do Trsta, uz pomoć trajekata Ilirija i Marko Polo. Već 2. srpnja 1991. godine, poslovodstvo Jadrolinije proglasilo je radnu obvezu za sve pomorce i djelatnike na kopnu.
Tijekom pomorskih blokada, brodovi Jadrolinije često su obavljali zadatke za Hrvatsku vojsku, uspostavljajući svakodnevne veze između sjevera i juga Jadrana. Mnoge posade nisu poštovale zabranu plovidbe izdanu od strane Jugoslavenske ratne mornarice (JRM), pa su danju mirovale u lukama, dok su noću, bez brodskih svjetala, održavale vezu s otocima. Unatoč učestalim zračnim napadima na trajektne luke i mostove, posade Jadrolinije nastavile su održavati vezu s otocima. Nakon pada Masleničkog mosta, postali su jedina veza Dalmacije s ostatkom Hrvatske.
U listopadu 1991. godine, Dubrovnik je napadnut s kopna, mora i zraka, a Jugoslavenska ratna mornarica uvela je potpunu pomorsku blokadu grada. Nakon presijecanja Jadranske magistrale, jedina veza Dubrovnika s ostatkom Hrvatske bila je plovidba brodova Jadrolinije. Grad je ostao bez vode, struje, hrane i lijekova, a u njemu je bilo oko 50.000 stanovnika i izbjeglica. Spontano je organiziran konvoj Libertas, predvođen Jadrolinijinom Slavijom, koji je 31. listopada uplovio u Gruž, donoseći nadu zarobljenom Dubrovniku.
Tijekom napada na Split u studenom 1991. godine, brodovi JRM-a napali su grad. Nakon borbi, Hrvatska ratna mornarica izborila je svoju najveću pobjedu, započevši oslobađanje obale i otoka. JRM se povukao na otoke Vis i Lastovo te u Boku Kotorsku. Tijekom napada, granate su pogodile trajektnu luku Split, oštetivši trajekte Bartol Kašić i Vladimir Nazor.
Unatoč opasnostima, Jadrolinija je nastavila ploviti blokadama. Desetorica pomoraca su poginula, a oko osamdeset djelatnika otišlo je na bojišnicu. Više brodova je oštećeno, a trajekti Klimno, Supetar i Kačjak te brod Perast su izgubljeni. Mnogi pomorci i djelatnici Jadrolinije sudjelovali su u obrani Domovine. Uloga Jadrolinije u Domovinskom ratu prepoznata je brojnim priznanjima i odličjima, uključujući Vjesnikovu Plavu vrpcu za hrabrost 1991. godine.
