Špilje ne nalazimo samo u kopnenom prostoru, već i u krškom podmorju. Zasad je na hrvatskom dijelu Jadranskog mora poznato više od dvije stotine morskih špilja i jama; ta brojka raste jer se otkrivaju nove. Budući da ih uglavnom stvara slatka voda, većina ih je nastala tijekom ledenog doba, kada je razina mora bila niža nego danas, piše Glas Istre. Glavno im je obilježje naglo smanjivanje količine svjetlosti, ovisno o morfologiji, od ulaza prema unutrašnjosti. Često izolirane kopnene špilje središte su endemizma, no more je povezalo morske špilje i omelo izolacijske evolucijske procese kojima nastaju nove vrste.
Tmina je odredila da morske špilje nasele specifični organizmi. Svjetlost ne dopire u unutrašnjost, zato osim u ulaznim dijelovima nema ni algi, ni stvaranja organske tvari, tj. hrane, već se stanari špilja moraju zadovoljiti onime što dolazi izvana. Slabe struje dodatno smanjuju produktivnost biomase. Iz tih razloga more je u špiljama vrlo bistro.
Duž hrvatskog dijela Jadranskog mora i na otocima niz je fenomenalnih morskih špilja i jama.
Modra špilja se nalazi na istočnoj strani otoka Biševa, u uvalici Balun. Godine 1884. barun Eugen von Ransonnet otkrio ju je, opisao i naslikao. Na njegov prijedlog otvor špilje je proširen te je dostupna javnosti od 1884. godine, kada je probijen vanjski ulaz, kroz koji se u špilju ulazi malim čamcem na vesla.
Špilja ima dva otvora, jedan manji, umjetno produbljen, i taj otvor nema utjecaja na rasvjetu u špilji. Drugi je otvor poput svoda i mnogo je širi, na južnoj strani špilje ispod razine mora te kroz njega prodire sunčeva svjetlost. Oko podneva za mirnog mora sunčeve zrake prodiru kroz podvodni otvor u Modru špilju, reflektiraju se od bijelog dna i osvjetljavaju špilju modrom, a predmete u vodi srebrnastom bojom. Špilja je geomorfološki jako zanimljiva te predstavlja tipičan krški oblik. Zaštićena je 1951. godine.
U svom članku o Biševu, objavljenom u bečkomu dnevnom listu Neue Freie Presse u kolovozu 1884. godine, Ransonnet piše: „Taj bogati izvor svjetla daje stijenama, veslima i drugim predmetima pod vodom srebrno-plavkasti sjaj, kao u špilji na Capriju, i sa svih strana obasjava prozračni kameni sprud, tako da izgleda kao dvorac nekog morskog boga. Okrenuvši barku u pravcu mora vidio sam ispred sebe jedino plavu svjetlost (u Grotta Azzurra se iznad modre vode vidi ulaz u špilju), dok sam u suprotnom pravcu ugledao prethodno opisane čarobne reflekse dnevnog svjetla, koji su se pored najjačeg azurnog plavetnila prelijevali u svim ružičastim i ljubičastim tonovima. Na južno predvorje, do kojeg sam se probio, dopire samo slabo svjetlucanje izvana. (…) Krivudavost špilje savršeno omogućava koncentriranje svjetlosnog efekta u središnjoj prostoriji. Naročito je upadna količina modro svijetleće vode, koja se mjestimično prostire toliko duboko pod stijene, pa se čini da one lebde u njoj“.
Barun Ransonnet vratio se na Biševo 1890. godine da bi naslikao nezaboravan prizor blještave modrine biševske špilje. Tom prigodom napravio je drveno postolje na željeznoj konstrukciji pričvršćenoj za siku u središnjoj prostoriji špilje, te pomoću nekoliko zrcala doveo sunčanu svjetlost na svoje platno i tako naslikao nekoliko litografija. Ransonnet je jedno svoje platno darovao prijatelju iz Komiže, don Jurju Mateu Brajčinu, u znak zahvalnosti što ga je uputio u tada nepoznatu morsku špilju u uvali Balun na Biševu. Godine 1933., prigodom 50. obljetnice Ransonnetova otkrića, Jakša Ravlić piše: „Osim Ransonneta, kušali su neki naši slikari da prikažu pojedine detalje te čudne čipke, tog čarobnog svjetla, te divne vizije. Tako Juraj Plančić, Vinko Foretić, te njemački slikar W. Lehner iz Münchena i R. Scheurlen… ali svaki je kist preslab kao što je pero nemoćno“.
Petar Kružić u svom Vodiču po viškom arhipelagu (1932.) bio je još izričitiji: „Nema tog čovjeka koji je u stanju opisati ljepote ove špilje. Može opisati svoje osjećaje, ali nije u stanju vjerno prenijeti ono što se može samo vidjeti. I najveći pjesnik i umjetnik neka i ne pokušava, jer ma što i kako pisao o ovoj jedinstvenoj špilji, opet će biti blijedo. Zato treba reći – idi i vidi“.
Odisejeva špilja ili Jama, na južnoj obali otoka Mljeta, kod Babinog Polja, jajolikog je oblika s nekoliko desetaka metara u promjeru. Ime Jama dobila je po urušenom svodu; s kopnene strane zaista izgleda kao velika rupa u zemlji. Dno jame ispunjeno je morem. Kroz vapnenačke slojeve, što je odvajaju od otvorenog mora, nastao je prolaz u obliku tunela, dugačak oko 20 metara. Koristi se kao sklonište za ribarske čamce i alat, pa predstavlja najneobičniju luku na cijelom Jadranu.
Ispred špilje je hrid Ogiran, strma gromada kamena, koju u vrijeme visoke plime ili jakog vjetra more potpuno prekrije i stoga je velika opasnost za moreplovce. Prema legendi, baš tu je Odisej, nakon brodoloma na stijenama otoka Ogigije, sedam godina s tugom i nostalgijom za domom i Penelopom gledao u pučinu, a lijepa nimfa Kalipso, kći boga Posejdona, još tužnije zaljubljeno gledala u njega. Mjesno stanovništo vjeruje da je upravo Mljet drevna Ogigija, međutim, legenda o Odiseju ipak se češće vezuje uz Maltu.
Još je jedna špilja dobila ime zahvaljujući legendi: Kraljičina špilja na otoku Visu. Tu je, kaže predaja, bio dom posljednje ilirske kraljice Teute. Nazivali su je još i gusarskom kraljicom, a narodna predaja kaže da je bila mudrija od zmije, hrabrija od lava i vilinski lijepa.
Zelena špilja na otočiću Ravniku, pored otoka Visa, ima veličanstvenu kupolu. Omiljena je među penjačima jer pruža sjajno iskustvo u deep water solo, disciplini penjanja iznad mora bez osiguranja. Svjetlo u špilju prodire kroz dva velika ulazna otvora, ali i kroz mali prolaz na vrhu špilje. Kroz taj otvor zrake sunca se reflektiraju u unutrašnjost špilje i stvaraju zadivljujuće zelenkaste svjetlosne efekte.
